京都篇（就是TV版1到95集内容）
维新政府建立后的某一天，在一个小村庄里，剑心遇见了一位美丽的少女神谷熏。交谈中得知有个叫比留间五兵卫的人冒充拔刀斋在村里作恶，阿熏手拿竹刀与之拼命，但不是对手。五兵卫手起刀落，眼看阿熏性命难保，千钧一发之际，一个人影风驰电掣般闪过，五兵卫劈了个空，而阿熏已在一位英俊的红发"少年"怀中。

阿熏见救自己的竟然是一位拿逆刃刀的剑士，而且还说自己就是杀人无数的刽子手拔刀斋，她很想知道剑心为什么不再杀人，她也很想了解剑心的过去，她希望剑心结束流浪生活，在道场安家，用剑去实现保护受苦受难的人的愿望。

阿熏把自己的身世告诉了剑心，她父亲是神谷活心流创始人，一直遵循以剑活人，以剑救世的宗旨，剑术高超却从不使用真剑专门锄强扶弱。虽然父亲神谷越路郎战死西南战争，门下一个弟子也没有，但她没有气馁，决心独力支撑大局，并将父亲活人的剑道精神发扬光大，以保护弱者。剑心深深地被阿熏这种不屈不挠的精神所感动，尤其觉得她的志向与自己很相近，于是他决定留下。此后，剑心最真实的感情世界只向一个人敞开，她就是神谷熏。剑心在道场里过着和平宁静的生活。不久，他遇到并解救了命中注定的几位好朋友，一个是明神弥彦，他父亲是彰义队的队士,战死上野战争，母亲死后留下大量债务，追债者要弥彦还钱，弥彦无力偿还，只能去当小偷，后被剑心解救，追债的无赖也被打得落花水弥彦决心成为像他父亲一样出色的人，于是投身神谷道场门下学习剑术，不过和师傅阿熏是对小冤家。另一个人是相乐佐之助，前赤报队准队士，后来明治政府以伪冒官军的罪名宣布赤报队非法，并予以取缔，赤报队苦战不力，只剩下佐之助和另外一个小孩—— 阿黑幸免，相乐队长带着佐之助逃到悬崖边，自己冲回去与政府的步枪队肉搏，当场牺牲，佐之助趁乱逃脱。

经历这一劫难，佐之助对维新政府恨之入骨，但苦于能力有限，只能找别人打架来发泄怨气，成为远近闻名的小流氓，后被剑心打败并晓以大义，终于明白了相乐队长是为了国家解放，人民幸福而浴血奋战，他的在天之灵是不希望看到自己这样堕落的，于是，他和剑心一道立志要与破坏安定生活的坏人作斗争，走上了正道还有一位叫高荷惠的女子，她的出现曾经令阿熏醋意大生，她因为不满主子强迫她制造鸦片而逃走，终于在剑心那里得到保护……，最后成了远近闻名的名医。有朋友，当然也有敌人。四乃森仓紫，前幕府间谍组织的首领，当时仓紫年少得志，但最终，逆历史潮流而行的间谍组织土崩瓦解，仓紫因此对维新运动尤其是代表人物剑心恨之入骨。而且，成为最强的人是仓紫毕生的梦想，而当时要得到这一名誉，就是要打败拔刀斋。还有前新撰组的冷血杀手刃卫，尽管不再需要刽子手的时代已经到来，但他凶残的本性没有丝毫改变，他劫持了神谷熏并向剑心挑战，唯一的目的只是为了满足战斗和杀人的欲望，这样的人当然没有好下场。但是，最可怕的敌人还是和剑心同时代的刽子手，志志雄真实……

 

追忆篇

1864年，幕末的京都。15岁的刽子手拔刀斋干净利落的执行着“天诛”的任务。“虽然我们无怨无仇，但为了新时代，只好要你们死！”一次暗杀京都所司代重仓十兵卫时，被一个武功并不怎么样的青年在脸颊上划出一道伤痕。也许是因为这个青年强烈的求生意志吧，“附着怨念的伤很难好的”。接下来就是宿命的相遇：在酒馆外的小巷，拔刀斋遭遇狙击。杀死对手之际，鲜血溅上了路过的雪代巴白色的衣襟。雪代巴却没有惊骇的表情，只是幽幽的说着：你总是带来——腥风血雨呢……血腥味中的白梅香。这一次拔刀斋没有杀人灭口，而是把昏迷的阿巴带到了维新志士在京都的落脚处——小荻屋。自称

无处可去的阿巴留了下来。“如果当时我有刀在手，你会不会杀我呢？”剑心的答案是——不会，无论任何情形我也不会杀你。池田屋事变后，维新力量遭到重创，京都成为新撰组大开杀戒之所。为保存实力，桂安排剑心和阿巴到郊区农舍扮夫妻暂住。平静温馨的田园生活把两个人的距离更加拉近了。阿巴终于说出了自己的身世。原来她的未婚夫清里在京都被杀，因为后悔当初未能阻止其成行她才来到京都。她没有说的是杀死清里的就是刽子手拔刀斋，而她参与了杀拔刀斋的计划，被安排在其身边寻找弱点。爱与恨只有一线之隔。现在阿巴只希望能够和剑心一起守护两人的小小幸福。但是一直伺机而动的敌人已经在结界森林布下了修罗场。“如果拔刀斋没有弱点，我们就帮他制造一个。你，就是他现在最大的弱点”被告知阿巴就是内奸的拔刀斋遭到了沉重的打击。向结界森林一路寻去，朝着一个个敌人挥剑，心中却只有阿巴的身影。终于拖着重伤的身体到了最后一关，六感都丧失了，仅凭着要再见阿巴的念头和本能支撑着。在看来没有胜算的时候，已经做好了同归于尽的准备挥出最后一剑。但，斩过敌人的同时，这一剑也刺穿了在前面护住自己的阿巴的身体。为了保护所爱的人死在爱人的手里，对于阿巴来说，是死而无憾了吧？但，对于活下来的剑心呢。阿巴的匕首在清里留下的伤疤上划过剑心脸上留下了十字伤，心中也留下了永远的混合着血腥味的白梅香。就是在那一刻起下的决心吧——他会好好的活下去，但是，在新时代，决不再杀人。飞天之剑，将只为保护生命而挥。这是对阿巴，也是对所有死在剑下的亡灵的承诺。

 

星霜篇

相对追忆篇以剑心和巴为主线，描述一段凄美的爱情故事，星霜篇便是以薰为主线，从她的角度来看剑心与她的爱情乃至婚姻。故事一开头，就是剑心落入海中，从他思维的星霜篇是一部强烈的思念的作品，而在它的画风中我们也可以感受到这一股从地中海上吹来的沉沉的融化在水滴的风情，即使水滴升华了，风仍然漂浮在忧伤的却充满信念的风中。尽管画面上一片明亮之色，明朗的晴空，闪烁的星星，飘荡的樱花……不论是哪一个方面来看，画面都那么明洁清新，绝对没有任何黯然灰糜的色彩，即使剑心死去时也是在那灿烂的樱花飞舞中，带着笑容，左之助的每个动作都仍那么干脆明快，一如他快朗的笑容即使是夕阳也是火般燃烧的灿烂。有黑夜可是哪里有那沉闷的乌雨般的墨黑？如此明朗的画风画情中，哪里有那沉闷郁郁的感受？可是每个看此片的人，心里都会不自觉地让淅淅沥沥的伤心和感动涌起，这就牵扯到动画和音乐的关系，也牵扯到画面与情绪的关系那么是什么在这本来应该是明朗的画风上平添了一抹暗色，并且逐渐扩散？是那绝症，那让剑心和薰都痛苦万分却无法消去的绝症；是那薰不得不放掉拉着剑心的手，不得不让他离去，不得不自己承担的信念；是那剑心每次毅然离去时的背影，那萧索的让人看不到许多展现在他脸上的情感的舍不得的背影；是那孤寂地在剑心家的廊檐下在风洞中吹奏的风铃……是剑心那十字伤痕所引发的思忆……所有的这些都让我们读到了更深一曾的念力，那种绝对的信念力，正是这种念力影响着表面看起来明朗的画面，因为我们读到的是隐藏在其中的内涵。所以说，心之所在，意之所指；意之所指，情之所思；情之所思，景之所变。也就是物喜则心喜，物悲则心悲。所有的景色都在我们为剑心而悲苦的心境中由阴文变成了阳文，让那本来隐藏的凸显了出来。这就是明朗的画风中隐存的暗色，却暗而不灰的星霜。所以看到的是剑心死前的安心的笑容。